Très fréquemment isolés en pathologie humaine, particulièrement au cours des suppurations, les staphylocoques sont des germes ubiquitaires : on les trouve en effet dans l'air, les sols et les eaux et ils appartiennent à la flore commensale de la peau et des muqueuses de l'homme et des animaux.
TAXONOMIE
Les staphylocoques appartiennent à la famille des Micrococcaceae qui comprend quatre genres : Micrococcus, Staphylococcus, Stomatococcus et Planococcus.
1° Le genre Micrococcus
comprend les microcoques qui sont également des hôtes normaux de la peau et des muqueuses de l'homme et par conséquent souvent présents dans les prélèvements. Ce sont presque toujours des contaminants qu'il importe de distinguer des staphylocoques.
2° Le genre Staphylococcus
comprend une trentaine d'espèces : certaines sont des hôtes de l'homme, d'autres des animaux, d'autres sont rencontrées à la fois chez l'homme et l'animal.
Chez l'homme, les espèces les plus couramment isolées sont :
o Staphylococcus aureus, le plus pathogène,
o Staphylococcus epidermidis, souvent considéré comme un opportuniste,
o Staphylococcus saprophyticus, responsable d'infections urinaires chez la femme jeune,
o et à une fréquence moindre, St haemolyticus, St. hominis, St. capitis et St. auricularis.
Il faut se garder d'assimiler St. aureus à un pathogène obligatoire et St. epidermidis à un commensal certain ; l'un comme l'autre sont des hôtes normaux de la peau et des muqueuses de l'homme pouvant, de ce fait, contaminer les prélèvements mais l'un et l'autre peuvent aussi être à l'origine d'infections graves. St. aureus a néanmoins un potentiel pathogène plus important.
St. aureus exprime des caractères qui le différencient des autres staphylocoques : il possède notamment une coagulase. En pratique bactériologique courante ce caractère permet de faire la distinction entre Staphylococcus aureus d'une part et les Staphylocoques coagulase négatifs (SCN) d'autre part.
3° Le genre Stomatococcus
comprend Stomatococcus mucilaginosus qui fait partie de la flore buccale.
4° Le genre Planococcus
comprend des bactéries du milieu marin.
jeudi 12 août 2010
Bactéries anaérobies strictes
Il s'agit d'un ensemble très complexe de bactéries ayant certaines caractéristiques écologiques, biochimiques et pathologiques.
- germes commensaux très fréquents, en particulier au sein de diverses flores dont celle oropharyngée ou encore digestive comprenant de nombreuses espèces de bacilles appartenant aux groupes des Clostridium et Bacteroides.
Exemple: Présence de bacilles anaérobies stricts par microscopie à balayage au niveau de la paroi du rumen de bovin
- germes rencontrés encore au sein de flores telluriques (contamination fécale), et certains sont sporulés (Clostridium). Leur introduction chez l'homme s'effectue par effraction cutanée: taille de rosier, plaie souillée avec de la terre...
- peuvent produire de nombreux facteurs de virulence, certains étant toxinogènes.
- une autre caractéristique est leur pouvoir très gazogène (crépitation au niveau des tissus lors de multiplication):
Des études scientifiques très sérieuses ont évalué le rejet de gaz d'origine animale, participant ainsi à l'effet de serre.
- aussi cette production va s'accompagner d'une odeur nauséabonde (H2S +....) lors de la putréfaction
- ne peuvent utiliser et vivre au contact de l'air en raison de leur déficience en certains transporteurs d'électrons (certains d'isolement difficile sont dits EOS, car extremely oxygen-sensitive. Leur culture ne pourra s'obtenir que dans certaines conditions d'incubation.
B - PRINCIPALE CARACTÉRISTIQUE DE CULTURE
Les bactéries anaérobies strictes ne peuvent se cultiver qu'en l'absence de l'air ambiant ou de l'oxygène ce qui va nécessiter des techniques bactériologiques inhabituelles, en l'absence d'oxygène aussi bien lors du prélèvement, que de son transport puis ensuite de sa culture et/ou de son isolement. Ces contraintes techniques peuvent expliquer leur faible fréquence d'isolement dans de nombreux laboratoires
Prélèvements - transport :
- hémoculture: Lors d'hémoculture, un flacon avec et un sans oxygène est systématiquement ensemencé
- autres: Certains prélèvements seront rapidement effectués sur un écouvillon avec ensuite ensemencement au sein d'un milieu gélosé permettant le transport (TGV®) ou encore il convient d'éviter tout apport d'air dans la seringue. Puis leur acheminement sera le plus rapide possible au laboratoire.
Culture - Isolement :
Les contraintes déjà évoquées s'appliqueront encore en évitant le contact avec l'oxygène:
- soit en travaillant en chambre spéciale (chambre dite de Freiter) avec mélange gazeux divers (C02, N2...)
- soit plus habituellement en mini-chambre (jarre ou poche plastique) et utilisation d'un catalyseur chimique (sachet) en ensemencant des milieux solides tel gélose au sang frais.......
L'incubation est normalement effectuée dans une étuve en "air ambiant" à
Leur culture est, en général, difficile et lente (plusieurs jours), le plus souvent obtenue sur des milieux gélosés au sang avec quelquefois des aspects caractéristiques tels pigmentation noire (Prevotella melanogenica) ou colonies inscrustées (Bacteroides ureolyticus):
L'examen direct après coloration de Gram peut orienter pour certaines étiologies (coque ou bacille à Gram + ou à Gram -).
L'identification est le plus souvent biochimique: Exemple d'une galerie d'identification (Rapid ID 32A).
L'antibiogramme montrera une sensibilité spécifique aux imidazolés (métronidazole ou MTR) et une résistance naturelle aux aminoglycosides.
Les bactéries anaérobies strictes malgrè leur instabilité à l'oxygène sont des germes commensaux fréquemment rencontrès aussi bien chez l'homme que l'animal:
- anaérobies de la flore exogène: bacilles (Clostridium) sporulés telluriques toxinogènes qui peuvent pénètrer avec la terre par effraction (plaie, escarre) ou plus rarement par ingestion.
- anaérobies de la flore endogène (Flore de Veillon): germes commensaux des cavités naturelles (bouche, tube digestif.....)(cf flores). Ils sont des germes commensaux dominants au sein de la flore digestive, en particulier colique, de l'ordre de 10 10 germes/gramme de selles. Leur rôle est important dans le cadre de l'effet de barrière, par exemple. Aussi lors de fragilisation des défenses immunitaires, il peut y avoir translocation, suivie d' infections putrides, voire de septicémies.
D - CLASSIFICATION
De très nombreuses genres et espèces ont été identifiées dont certaines sont souvent isolées comme pathogènes chez l'homme ou l'animal. Une classification simplifiée en fonction de la coloration de Gram et de la morphologie est rapportée ci-dessous:
Leur distribution chez l'homme est variable selon la localisation.
E - POUVOIR PATHOGÈNE
Variable avec divers tableaux cliniques pouvant être quelquefois très évocateurs et on aura la notion d'absence de maladie contagieuse ou épidémique, à l'exception du botulisme (même source contaminante = aliment)
1 - INFECTIONS À BACTÉRIES SPORULÉES (CLOSTRIDIUM)
1 - 1 Clostridium botulinum et Botulisme (http://www.invs.sante.fr/beh/2002/14/)
| Habitat : bactérie tellurique, rare (intestin des animaux) dont les spores contaminent les légumes et les fruits...... Mauvaise stérilisation de conserves familiales ou autres préparations: jambon, saucisson (abattage dans de mauvaises conditions sans diète et stress). Grande thermorésistance de la spore: 3-5 h à | |
- trouble de l'accomodation et muscles intrinsèques de l'oeil : mydriase
- atteinte des muscles bucco-pharyngés (dysphagie) avec paralysie de la déglutition, difficultés d'élocution
Il peut être retrouvé des signes digestifs dont nausées, vomissements et constipation
Diagnostic : essentiellement clinique avec un signe d'atteinte du SNC. Rechercher d'autres cas dans l'entourage immédiat ou non (>70%).
Diagnostic biologique : compte tenu de l'existence d'un aliment contaminé et de la possibilité d'observer pluiseurs cas, il convient de rechercher la toxine dans le sang des malades, dans l'aliment incriminé, voire les selles (épreuve de séro-neutralisation chez la souris). Recherche de toxine quelquefois négative mais la clinique est très évocatrice. Toxine libérée au cours de l'autolyse du germe, 6 variétés antigéniques (A, B, C, D, E, F) mais surtout A, B, E chez l'homme. Toxines puissantes (1 mg contient 20.106 doses miminales mortelles ,DDM pour la souris) qui inhibent la synthèse d'acétylcholine au niveau des synapses ou des plaques neuro-musculaires. De nature protéique (détruites par chauffage de 20 min à
Traitement curatif : sérothérapie + anatoxine et anti-cholinestérasique
Traitement préventif : mesures légales pour abattage des animaux, préparation des conserves industrielles. Règles de salaison et de conservation des aliments........
1 - 2 Clostridium tetani et tétanos
Habitat : Le bacille de Nicolaer est un commensal du tube digestif d'espèces animales, mais peut être rencontér dans le sol (spore). Donc abondant dans les zones de stabulation, pacage...
Pouvoir pathogène : vaccination obligatoire en France mais près de 400 cas/an avec une mortalité de 25-50%. Germe non invasif, infection strictement limitée dans les tissus dévitalisés après introduction de spores: blessure, brûlure, cordon ombélical ligaturé, suture chirurgicale.... maladie = toxémie
Après germination de la spore, toxine excrétée dans des conditions favorisantes = anaérobiose (nécrose tissulaire), sels de calcium, germes pyogènes potentiel oxydo-réduction bas
Incubation de 4-5 jours à plusieurs semaines, la toxine gagne le SNC par voie rétrograde (tissu périneural), lymphatique ou sanguine. Par fixation sur les glangliosides de la moelle épinière et du cerveau, elle empèche la libération d'un inhibiteur des synapses des neurones moteurs, entrainant des réactions exagérées et des spasmes violents des muscles en réponse à toute stimulation. La maladie clinique commence par des spasmes musculaires et des contractures douloureuses des masseters (trismus ou rire sardonique), le sujet ne peut ouvrir la bouche.
Puis les autres muscles de la musculation volontaire sont touchés. Des contractures douloureuses plus ou mains généralisées se produisent avec un état carctéristique (opistotonos). Le malade est conscient avec une température élevée, puis il y a mort par spasme laryngé.
Diagnostic: Il est surtout clinique : contractures avec notion de blessure antérieure
Diagnostic bactériologique: recherche éventuelle du germe dans la blessure, intérêt limité. Pas d'antibiogramme
Aspect caractéristique de la bactérie sporulée
Traitement curatif: sérum antitétanique, anatoxine, pénicilline G et mesures non spécifiques (myorelaxants, sédatifs, respiration assistée).
Traitement préventif: vaccination obligatoire chez l'enfant avec anatoxine couplée avec autres vaccinations. Rappels. Nettoyage soigneux de plaies souillées de terre, débridement chirurgical lors de nécrose. Emploi préventif de la sérothérapie, légal pour toute plaie souillée avec une injection de rappel (séro-anatoxinoprévention)
1 - 3 CLOSTRIDIA DE GANGRÈNES GAZEUSES
Définition: affection grave consécutive le plus souvent à l'introduction de terre ou de matières fécales souillées de spores de Clostridium dans la plaie: C. perfringens le plus fréquent, mais aussi C. novyi, C. septicum ... L'origine peut être endogène en raison de la présence de divers Clostridium au sein dela flore digestive.
Pouvoir pathogène naturel: Plaie contaminée (fracture ouverte, plaie utérine, escarre.....). Infection rapide en 1-3 jours avec gangrène gazeuse comprenant un phelgmon gazeux avec crépitation et nécrose, fièvre, hémolyse, syndrome toxique, choc, puis la mort survient rapidement. L'amputation est quelquefois rapidement nécessaire.
Autres infections: appendicites, entérites, syndrome septicémique d'origine puerpérale (avortement clandestin) avec ictère hémolytique et anurie.........
Diagnostic bactériologique: Il est facile et rapide à partir de prélèvements de tissus, de pus, de sérosité au niveau de la plaie, ou encore de sang, il y a de résence de grands bacilles à Gram-positif, rarement sporulés. La culture est aisée sur une gélose au sang en anaérobiose après 24 h d'incubation à
Hémoculture anaérobie positive à C. perfringens
Toxine: exotoxine protéique (lécithinase) qui décompose la lécithine, constituant des membranes cellulaires.
Autres facteurs: désoxyribonucléase, hyluronidase, collagénase favorisant l'extension de l'infection.
Traitement - antibiogramme: débridement des plaies souillées, excision des tissus nécrosés; pénicillines et imidazoles+ Réanimation
1 - 4 AUTRE CLOSTRIDIUM : Clostridium difficile
Après administration prolongée d'antibiotique dont la clindamycine, les céphalosporines, le cotrimoxazole....., la sélection dans les selles d'une espèce naturellement présente (C. difficile) ayant une résistance naturelle à de nombreux antibiotiques dont les ß-lactamines et les aminoglycosides peut être suivie de signes de colite pseudomembraneuse par prolifération dans le colon et production de toxines (entérotoxine et cytotoxine). L'évolution peut être mortelle. Sa découverte chez des malades chirurgicaux ainsi que chez le sujet séropositif pour le VIH en fait un opportuniste, quelquefois responsable d' infections nosocomiales. La transmission est assurée par les mains du personnel soignant ou enocre un thermomètre insuffisamment décontaminé.
Le diagnostic bactériologique s'effectue à partir de selles soit sur la recherche de la bactérie (milieu sélectif), soit sur la recherche d'un effet cytopathogène (toxines) en culture cellulaire ou par un moyen immunologique.
Le traitement fait appel aux imidazolés (métronidazole) ou aux glycopeptides (vancomycine per os).
2 - INFECTIONS A BACTÉRIES ANAÉROBIES NON SPORULÉES OU ENDOGÈNES
De nombreuses autres groupes ou espèces sont des germes commensaux des flores (bucco-pharyngée, digestive), qui peut être pathogènes dans certaines circonstances. Ces bactéries de type bacille fusiforme ou non, coque ou spirochète, à Gram-positif oet à Gram-négatif non sporulées sont pathogènes uniquement par leur virulence. Les circonstances favorisates sont liés à un traumatisme, un trouble nutritionnel, un déficit immunitaire ou une infection conjointe.Types d'infections sont ainsi individualisées:
2 - 1 Angine fuso-spirochétienne de Vincent ou Angine ulcéro-nécrotique accompagnée d'une fièvre élevée et d'une réaction ganglionnaire de voisinage. Le diagnostic est bactérioscopique avec la présence d'une bactérie de type Fusobacterium fet d'une bactérie de type spirochète. Le traitement de cette angine est simple à base de pénicilline G.
. Suppurations bucco-dentaires: les abcès dentaires sont douloureux, car polymicrobiens et distendus par la production de gaz.
. Suppurations pulmonaires: consécutives à l'inondation du poumon, suite à des régurgitations gastriques avec l'acide chlorhydrique et une flore bactérienne mixte, notamment de Bacteroides, fusiformes, spirochètes etc ... La multiplication est favorisée par la nécrose, donc l'anaérobiose, provoquée par l'acide chlorhydrique. Parmi les complications, à noter les pleurésies purulentes.
. Suppurations digestives: consécutives à des perforations spontanées ou à des traumatismes accidentels ou chirurgicaux introduisant alors des bactéries intestinales dans la cavité péritonéale ou dans les tissus pelviens. Les Bacteroides du groupe fragilis prédominent, car représentant 80 à 90 % de la flore digestive et naturellement résistant à de nombreux antibiotiques dont les pénicillines. A noter les infections biliaires, les abcès hépatiques, les appendicites
. Septicémies dans le cadre d'une complication
Leur diagnostic est d'abord clinique, quelquefois bactérioscopique, voire bactériologique: Le prélèvement selon le type d'infection peut présenter une odeur fétide caractéristique montrant à la coloration de Gram, un aspect protéiforme à Gram-positf et à Gram-négatif (flore de type anaérobie dite flore endogène de Veillon).
Exemple : Aspect macroscopique d'un liquide pleural
La culture en anaérobiose est positive après plusieurs jours d'incubation à
Le traitement sera débuté sans attendre en ayant recours aux antibiotiques des familles suivantes:
- ß-lactamines avec inhibiteur de ß-lactamase tel amoxicilline-acide clavulanique
- imidazolés dont le métronidazole
- glycocopeptides : vancomycine par exemple (C.difficile)
- lincosamides avec la lincomycine ou la clindamycine
- co-trimoxazole (Actinomyces israelii)
La sensibilité aux antibiotiques varie beaucoup selon l'espèce ou le groupe bactérien tel les Fusobacterium très sensibles aux ß-lactamines dont la pénicilline G et les Bacteroides du groupe fragilis résistants à diverses ß-lactamines en l'absence d'association avec des inhibiteurs de ß-lactamase : amoxicilline seule (AMX), + ac.clavulanique (AMC), pipéracilline seule (PIP) + tazobactam (PTZ), céfoxitine (FOX).
. Il conviendra de retenir la résistance naturelle à certains antibiotiques dont les aminoglycosides ou encore les céphalosporines (C. difficile).
Ce cours a été préparé par le Professeur L. DUBREUIL (Faculté de Pharmacie - Lille) et le Professeur A. PHILIPPON (Faculté de Médecine COCHIN-PORT-ROYAL, PARIS V)
Source:http://www.microbe-edu.org/etudiant/etudiants.html
mercredi 11 août 2010
Virus
Particule microscopique infectieuse possédant un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN) qui ne peut se répliquer qu'en pénétrant dans une cellule et en utilisant sa machinerie cellulaire. Les virus sont en général des germes pathogènes.
Vaste famille de microorganismes responsables d'infections ; une caractéristique des virus est qu'ils ne peuvent pas se multiplier à l'extérieur des cellules de l'organisme qu'ils ont infectées.
mercredi 4 août 2010
Les règles à respecter au sein du laboratoire
· Port d’une blouse propre, de couleur blanche et en coton limitant tous les risques d’inflammabilité.
· Port de charlottes jetables.
· Port des masques jetables pour éviter la contamination dans le cas de personnel malade.
· Ongles coupés et propres.
· Désinfection des mains en entrant au laboratoire et avant et après chaque examen.
· Eviter de porter les mains au visage ou à la bouche au cours des manipulations
· Utilisation de l’extraction et port de gants au moment de la préparation des produits toxiques
· Ne pas fumer, boire ou manger dans les locaux du laboratoire.
· Eviter de parler,de tousser , d’éternuer pendant des ensemencements.
· Ne pas placer d’aliments destinés à la consommation personnelle au réfrigérateur.
· Ne pas porter la blouse du travail hors du laboratoire.
· Eviter de pipeter à la bouche
· Respecter les protocoles du travail : Modes opératoires, Utilisation des machines comme mentionnés.
· S’assurer de l’arrêt des appareils, machines et matériel pressentant un danger avant de quitter le laboratoire
· Etiquetage de tous les produits et réactifs du laboratoire
· Manipuler les différents produits dangereux avec précaution.
samedi 31 juillet 2010
Autre types de stérilisation
1/ Stérilisation par filtration:
Plusieurs types de filtration existe :
- les bougies de type Chamberland : tubes à fond arrondi dont les parois sont poreuses, en porcelaine. la dimension de ces pores varie de quelques µm au 1/10 ème de µm.
- disques : disques en verre fritté de porosité de 150 à 1 µm.
- membranes : membranes plastiques minces comportant des millions de pores par cm2 dont la taille, très uniforme, varie de 8 à 0.01 µm et occupant environ 80% du volume du filtre.En bactériologie, on utilise surtout les filtres de
Stériliser des liquides altérables par la chaleur : sérums, solutions hydrolysables, solutions glucidiques, vitamines ...
2/ Action des agents chimiques :
L'emploi d'agents chimiques vise la destruction d'espèces bactériennes déterminées au sein d'une flore poly-microbienne.
I / Antiseptiques
- Tuent les cellules vivantes, microorganismes et autres. Leur action est quasi instantannée. Ils agissent à l'intérieur de l'organisme ou à sa surface : teinture d'iode, mercryl laurylé, permanganate de potassium, eau oxygénée ...
- Utilisation locale chez les êtres vivants, au niveau des plaies et des muqueuses
II / Désinfectants
- Empêche les contaminations humaines et animales
- vapeurs ( formol, gaz sulfureux, oxyde d'éthylène )
- liquides ( phénols, sulfate de cuivre, de fer, eau de Javel, permangante de potassium )
- solide ( chaux vive )
- Utiliser pour tous les milieux extérieurs à l'Homme : eau, air, sol ( objets inanimés, désinfection du matériel plastique utilisé en microbiologie )
III / Antibiotiques
Substances d'origine naturelle ou obtenues par synthèse chimique.
On distingue :
- les antibiotiques bactériostatiques qui stoppent la multiplication des bactéries sans les détruire
- les antibiotiques bactéricides qui tuent les bactéries
Utilisation in vivo.
3/ Action des radiations :
- C'est la lumière U.V qui est le plus souvent utilisée ( lampes germicides ou stérilampes ) : stérilisation des surfaces et de l'air ambiant, dans des locaux ou des hottes, servant aux manipulations en atmosphère stérile ( hottes à flux laminaire ).
- Utilisation en virologie, cultures cellulaires, préparation et conditionnement des produits pharmaceutiques, ensemencements bactériens, préparation de milieux. L'irradiation précède et suit la manipulation.
- Les rayons X ou y sont utilisés pour la conservation de certains produits alimentaires
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